不过，与俄罗斯沙皇亚历山大不同，拿破仑此时并不想加速奥斯曼帝国的崩溃。在他看来，奥斯曼帝国自己就会走向灭亡。他对督政府表示，“我们会亲眼看到奥斯曼帝国的崩溃”。为了最大限度地利用这一点，他一方面努力在奥斯曼帝国版图内部为法国争取更多的商业和宗教方面的权益，另一方面试图从奥斯曼帝国手中夺走一个不听中央政府号令的行省——埃及。他在此事上受到了塔列朗（Talleyrand） 的影响。塔列朗认为，夺取新的殖民地会给法国带来优势，而埃及就是潜在的新殖民地之一。此外，在开罗经商的法国商人也向政府陈情，他们希望把埃及变成在东方贸易线路上的重要中转站，以削弱英国人在印度的霸主地位。
于是，拿破仑在土伦集结了规模庞大的舰队和军队。对于这些部队的目的地和目标，人们议论纷纷。一开始，人们以为这支部队将是入侵英格兰的左路军。直到舰队于1798年4月起航向东进发，人们才意识到它的目标是入侵埃及。督政府颁布给拿破仑的“命令”，实际上毫无疑问是拿破仑本人亲自起草的。命令说：“他要尽可能地夺取英国人在东方的领地，特别是摧毁他们在红海一带的所有据点；直插苏伊士地峡，采取必要手段确保法兰西共和国完全控制红海。”他还要考察在那里开凿运河、连接红海和地中海的可能性。拿破仑一心想要追随亚历山大大帝的足迹，他的终极目标是让法国在印度取代蒸蒸日上的大英帝国的地位。
拿破仑大军先从残存的圣约翰骑士团手中夺取、吞并了马耳他，接着又在没有遭到什么抵抗的情况下在亚历山大港登陆。随后，他又率军前往开罗。这是自十字军的时代以来，第一次有基督教军队插入伊斯兰世界的心脏地带。埃及从漫长的睡梦中被唤醒了。拿破仑十分郑重地宣布自己对伊斯兰教的尊重。在他的激励之下（“四十个世纪的历史在注视着你们！”），他的军队于1798年的夏天在金字塔战役中击败了马木留克军队。他以“解放者”的姿态出现，从篡位的暴君手中夺取了开罗。他不停地重申自己对法土联盟的尊重，小心翼翼地宣称他真正的敌人是马木留克军队，而不是土耳其人。实际上，他与塔列朗一样有一个错觉。他们相信奥斯曼帝国可能会默许法国镇压马木留克，因为奥斯曼帝国政府在埃及只剩下了象征性的权威，当地的权力早就落入了专横的马木留克集团手中。然而，情况并非如此。就在1787年，埃及行省暂时又开始服从中央政府了。因此，为了帝国的利益和尊严，奥斯曼帝国必须出手主张自己对埃及的主权。
于是，一开始略显犹豫的奥斯曼帝国，还是与俄罗斯和英格兰结盟，对法国宣战。法国大使被送进了七塔监狱，另外一些法国人则被投进了其他监狱；英国舰队协助土耳其各级政府在黎凡特地区的港口捉拿法国商人。与此同时，一支俄国舰队从黑海驶入了博斯普鲁斯海峡。他们得到了体面的欢迎，苏丹本人还亲自登舰访问。接着，这支舰队又与土耳其海军的一个舰队会合，进入地中海。这是俄罗斯的旗帜第一次、也是最后一次与新月旗一同飘扬。俄罗斯与土耳其的联合舰队从法国人手里夺走了爱奥尼亚群岛，并在那里建立一个听命于俄土两国的保护国 。虽然有些奇怪，但他们还联手帮助教皇在意大利沿岸地区对付拿破仑的盟友。
拿破仑的第二个错觉是过于相信其庞大舰队的实力。他对舰队的规模过于自信，高估了其能力和战术素养。纳尔逊勋爵（Lord Nelson）的英国舰队规模虽小，但实力更强。他从那不勒斯出发来拦截法国舰队，但由于遇到了笼罩在克里特岛和非洲大陆之间的浓浓夜雾而未能得手，因此也没能阻止拿破仑在亚历山大港登陆。不过他捉到了停泊在阿布吉尔湾（Aboukir Bay）的法国舰队，并将其歼灭。只有两艘法国船只设法逃走，但很快也被英国人俘获。这样一来，拿破仑的大军就被困在了埃及，没法回家。
拿破仑没有选择回家。1799年，他的大军带着沉没船只上的水手和从马木留克中招募的新兵，通过陆路进入了叙利亚。他希望能够把奥斯曼帝国版图内对中央政府不满的各个阿拉伯省份吸引到他的麾下，还夸下海口，宣称他的军队到仲夏时节就能抵达幼发拉底河，到秋天就能准备好向印度进军。于是，在占领了加沙和雅法（Jaffa）之后，他又沿着十字军的足迹，向重要的要塞阿卡进军。阿卡的总督是声名显赫的艾哈迈德·热扎（“屠夫”）帕夏（Ahmed Djezzar Pasha）。此人有一支由阿尔巴尼亚人和波斯尼亚人组成的私人军队。他一直是对苏丹本人的一个威胁，现在却站出来统率他的叙利亚军队抗击异教徒。
拿破仑对阿卡的围攻持续了两个月，而英国人的制海权再一次妨碍了他的行动。一支为拿破仑运送急需的重炮的法国小船队被英国海军将领西德尼·史密斯爵士（Sir Sidney Smith）的舰队截获。史密斯爵士让自己船上的炮手和陆战队登岸，然后通过海路为土耳其人送来了援军。援军中包括塞利姆苏丹的新军的一部分，他们配备了火枪和刺刀，装备精良。尽管拿破仑击败了从大马士革赶来的一支规模庞大的援军，但他却始终无法击败阿卡的守军。他吞下了失败的苦果，说道：“这个不幸的要塞决定了东方的命运。”他被迫穿越沙漠撤回埃及，一路上损失惨重。
在埃及，他又遇到了由西德尼·史密斯爵士的舰队从罗德岛护送来的第二支奥斯曼军队。他在阿布吉尔的陆战中迅速击败了这支敌军。他的军队端着刺刀向土耳其人冲锋，把他们赶进了大海。成千上万的土耳其人溺死，海湾里漂满了他们的头巾。就这样，拿破仑又一次确立了他在马木留克人中的威望。但是，由于英国海军的阻挠，他短暂的东方帝国之梦还是永远破灭了。他把军队的指挥权交给了克莱贝尔将军（General Kléber），自己抛弃了军队，带着他的随员偷偷坐船返回了法国。回到法国之后，他设法把自己包装成了一个胜利的征服者，随后又把自己的精力放在了西方的帝国之梦上。他发动政变推翻了督政府，任命自己为第一执政。
