两年后，在拉尔夫·阿伯克龙比爵士（Sir Ralph Abercromby）的率领下，一支英土联合远征军在埃及登陆，迫使士气低落的法军投降，并将他们送回了法国。1802年，英法和法土分别签署了《亚眠和约》（Treaty of Amiens）。条约的内容对法国和土耳其都很有利。苏丹对埃及和其他地区的主权得到了认可，奥斯曼帝国政府派出的帕夏们也一度取代了马木留克的执政地位。英国军队则撤出了埃及。
亚眠和约
但是，拿破仑的越界行为却让英国又一次在红海及更远地区采取了新的进取政策。英国与亚丁当地的苏丹签署了一份和约，这份和约成了日后英国吞并亚丁的序曲。英国很清楚地表示，如果从埃及可以侵略印度，那么从印度也可以侵略埃及。英国在奥斯曼帝国其他属地的沿岸地区也采取了类似的预防措施。在波斯湾，东印度公司把法国人逐出了阿曼，还在巴格达设立了常设机构。它取代了英国在巴士拉的领事馆，成了“驻土属阿拉伯地区的政治代理人”。拿破仑的失败激励了英国人，确保了他们的成功。
根据短命的《亚眠和约》，法国被迫放弃了爱奥尼亚群岛和邻近的大陆地区。这一地区仍然处于俄罗斯和土耳其的共同保护之下，俄罗斯掌管岛屿，土耳其则管理大陆上的城镇和要塞。此时，亚尼纳（Janina） 的阿里帕夏已经窃取了许多城镇。这个可怕、狡诈而残忍的阿尔巴尼亚人，拥有一支规模庞大的土匪武装。对于奥斯曼帝国来说，他是一个古怪的仆人。他消灭了邻近的大部分部落武装，包括叛乱的基督徒苏利奥人，从而在阿尔巴尼亚南部和伊庇鲁斯的内陆地区建立起了高度自治的统治。
在维护了土耳其的尊严之后，奥斯曼帝国政府与法国再度进入和平状态，释放了关押的法国囚徒，恢复了法国的财产。对法国的让步条约得以续签。在保留了原有条款的基础上，还给予了法国人在黑海经商航行的权利。法国商业活动的迅速复苏引起了俄国人和英国人的担忧。在经过三年的低谷期之后，法国人在伊斯坦布尔的威望也再度恢复了——有意思的是，拿破仑军队的迅速胜利和他在埃及采取的宽容政策都给法国加了分。两国之间的联盟恢复到了以前的水平。法国向奥斯曼帝国新派了一位大使以巩固本国的影响力；而奥斯曼帝国新派到巴黎的大使则难以掩饰自己对法国一切事物的兴趣。
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此时的伊斯坦布尔，外交活动十分活跃。1805年，俄罗斯和英格兰在联合对法国作战，三方都在争取土耳其人的支持。尽管签署了《亚眠和约》，但拿破仑仍然觊觎着东方。他向黎凡特地区派出了一支以弗朗索瓦·塞巴斯蒂亚尼（Franois Sebastiani）为首的使团。此人见多识广，曾经做过牧师，还是卓有成就的军人和外交家。表面上，他的使命是恢复法国在该地区的贸易利益；但实际上，他在为法国筹划一场可能的东地中海战争。
在拿破仑称帝之后，塞巴斯蒂亚尼成了法国皇帝在奥斯曼帝国政府的特使。他在这里加紧施压，试图让土耳其人对俄罗斯采取军事行动。法国对奥地利的胜利加强了他的说服力。1805年，法国的影响力随着《普雷斯堡和约》（Treat of Pressburg）的签署达到了顶峰。根据和约，法国取得了克罗地亚和达尔马提亚，这就让法国的版图与奥斯曼帝国版图直接接壤。这样一来，拿破仑就可以在边境地区布置一支军队，既可以用来支援土耳其，也可以用来入侵土耳其，全看形势需要。塞利姆苏丹深受法国在战场上的成功鼓舞，颁布敕令承认拿破仑的皇帝地位，并且以帕迪沙阿的头衔称呼他，还且向他派了一位苏丹特使，“以彰显苏丹对皇帝的信任、敬慕和赞赏”。拿破仑则通过他自己的大使答复道：“法兰西将与奥斯曼帝国荣辱与共。”苏丹承认拿破仑的帝位一事，遭到了英俄两国大使的强烈反对。
与法国类似，俄罗斯也要求得到土耳其的支持，希望与之签署攻守同盟条约。沙皇甚至要求苏丹承认他作为奥斯曼帝国境内所有东正教徒的保护者的地位，且赋予俄罗斯大使出面干预东正教徒事务的权力。这种要求刺痛了塞利姆作为穆斯林的自尊心。在塞巴斯蒂亚尼的建议下，塞利姆废黜了瓦拉几亚和摩尔达维亚这两个多瑙河流域公国的出身芬内尔人的大公。此二人是尽人皆知的亲沙皇分子，而且有可能支持了卡拉·焦尔吉，煽动了塞尔维亚的叛乱。对于这一违反和约条款的行为，俄罗斯愤怒地表示了抗议。英国大使也提出了抗议。他们还暗示奥斯曼帝国政府，俄罗斯的陆军和英国的海军即将“采取新的动作”。
苏丹仍然渴望和平，于是打算妥协。但是，一支俄军未经宣战就开进了摩尔达维亚和瓦拉几亚。他们迅速占领了这两个地区，进占布加勒斯特，还准备渡过多瑙河。奥斯曼帝国只好以暴制暴，对俄宣战。英国大使要求奥斯曼帝国恢复与英国和俄国的联盟，并且驱逐法国大使。面对英国大使的威胁，奥斯曼帝国拒不妥协。
于是，1807年，在海军将领达克沃思（Admiral Duckworth）的率领下，一支英国舰队穿过达达尼尔海峡，进入了马尔马拉海。他向奥斯曼帝国政府递交了最后通牒，要求奥斯曼舰队投降，否则英国舰队会立即将其歼灭，并炮击伊斯坦布尔。土耳其人同意与英国公使和这位海军将领展开谈判，跟他们周旋了十天，十分狡猾地为自己争取了喘息之机。此时，塞巴斯蒂亚尼已经在萨拉基里奥宫的花园里搭起了帐篷。在他的帮助下，土耳其人趁机布置了火炮，加强了城防。苏丹的舰队驶离了英国舰队的打击范围，而塞巴斯蒂亚尼手下的工程师则修复了达达尼尔海峡的防御设施。
达克沃思坐失良机。他失望地意识到，现在再去炮击伊斯坦布尔会将他的舰队置于莫大的风险之中。于是，他只好起锚，通过达达尼尔海峡返航。由于塞巴斯蒂亚尼迅速地修复了火炮工事，这些历史悠久的巨炮发挥了作用，向英国舰队发射重达数百磅的石弹，击沉了两艘英国舰船。如果不是运气好的话，达克沃思还可能蒙受更大的损失。与此同时，塞利姆又请来了大约500名法国炮手帮助他防御海峡，这等于公开确认了他与法国的联盟关系。
达克沃思出师未捷，英国人接着又发动了一次同样失败的行动——从马耳他入侵埃及。英国政府担心法国再次入侵埃及，于是打算先在亚历山大港占据一个桥头堡。他们很快拿下了亚历山大港，然后又去进攻尼罗河口的罗塞塔（Rosetta）。在那里，进攻的小股英军被土耳其人击退了。英国人本以为可以得到马木留克集团的支持，推翻在埃及恢复了秩序的一股新势力。这股新势力的头目名叫穆罕默德·阿里，是一名来自马其顿的阿尔巴尼亚人。他与拿破仑同岁，曾经在阿布吉尔抗击拿破仑，随后又在苏丹的阿尔巴尼亚雇佣兵的支持下自封为开罗之主。现在，奥斯曼帝国政府已经正式承认他为埃及的帕夏。
